虽然Minecraft的第一个PC版于2009年五月中旬发布[22]，但当时还没有任何游戏模组，直到2010年中发布alpha时才开始出现游戏修改。早期只有利用服务端来改变游戏内容或环境的服务端模组[6]。随着的alpha版本的发布，第一个客户端模组开始出现，但都是增加相对简单的事情，比如其他的纹理或修改游戏中的指南针[6]。
到2010年底，新发布的模组增加的特性比以往来的更多，此时，我的世界现在正准备进入其测试开发阶段，Beta版，当时许多模组已十分流行，例如Industrial Craft2、Railcraft和BuildCraft首次向公众发布。相较于早期的模组，这些模组已经完全改变了整个游戏的玩法，而不是只有简单地调整一些细微的枝节[6]。
2011年11月，Forge发布。Forge并没有加入新的功能也没有调整游戏中的内容，而是允许在同一个Minecraft客户端中安装并运行多个模组，又称为FML（Forge Mod Loader）。在Forge发布之前，当时流行的IndustrialCraft和BuildCraft并不能同时执行，因为他们的安装方式是取代Minecraft客户端Jar档中的Class档，由于都需要覆盖相同的Minecraft基础Java文件，因此无法同时安装，而Forge则利用了动态加载的方式，无须直接取代Jar档中的文件，使的多个模组要同时安装时无须触及其基本的代码[6]。
2012年，Mojang在Minecon 2012组织了一个关于我的世界模组的小组，Minecraft的首席开发人员Jens Bergensten举行了一次演讲。
Minecraft的正式版本于2011年11月18日发布，Minecraft模组的社群也不断成长[6]。2012年2月，Mojang聘请了Bukkit插件的开发人员开发官方的Modding API，目标是允许模组开发人员能够更简单地调整或修改Minecraft游戏内容[23]。2015年，Mojang在社交媒体上宣布这个Modding API仍在开发中，然而，其已在三年前就宣布了要开发Modding API一事[24]。
Minecraft模组社群对微软于2014年底收购Mojang表示担忧，Minecraft模组社群的许多人认为微软可能会终止目前Mojang默许许多Minecraft模组及相关第二创作的行为[25]，尽管存在担忧，但微软尚未宣布对Mojang政策进行任何修改[25]。
2015年4月，微软宣布要给提供一个Microsoft Visual Studio开发包，为模组开发者提供了一种更简单的创作方法[26][27]。同年7月，微软发布了一个新的Windows 10版本的Minecraft，并且与以往版本有很大差异，其由C++编辑完成[18]。此消息再度引发Minecraft模组社群担忧，由于此消息可能是Java版本被逐步淘汰的一个征兆，由于C++并不像Java那样可以“Reverse Engineerable”，Java可以透过动态加载其他类别或可执行文件，而C++则无那么大的弹性，因此此举将严重阻碍Minecraft模组的发展。然而，Mojang开发人员Tommaso Checchi向Reddit上的粉丝保证，由于模组“太重要了”（too important），因此不会停止开发基于Java的版本[18]。
2016年，Minecraft的1.9版更新发布[28]，随着这次更新，Mojang承诺此次更新会大大的简化mod的创建和更新[24]。但由于这更新破坏了先前已发布模组所使用的架构，迫使许多模组创作者要花费大量时间来更新模组作品[24]。也因此许多模组停止开发而停在旧版本1.8甚至是1.7.10。
2017年4月，Mojang宣布将建立一个称为Minecraft市场（Minecraft Marketplace）的平台，在这个平台上，玩家将可以贩卖基岩版的用户自定义内容[29]。虽然这个电子商店着重在冒险地图、皮肤和纹理包等非程序修改的内容，但PC World则认为此举将使基岩版更接近经典的最初之Java版本中“玩家所熟悉的可塑造的世界”[30]。
2019年9月，Minecraft 官网修改日志宣布，自快照版本19w36a开始，会在每个发行与快照版本发布官方的混淆映射表[31]。用意为取代第三方混淆映射表如MCP。然而，由于著作权宣告的用字不明确，Forge作者仍说明会继续使用MCP的混淆表。[32]
争议
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我的世界模组多年来一直存在争议。其中一个争议与一个名为格雷科技的模组有关，格雷科技模组主要透过将Minecraft某些对象的制作复杂化来提升游戏难度[33]。2013年，格雷科技模组作者注意到一些格雷科技模组中的合成方式被加入Tinkers' Construct模组中，而格雷科技模组作者为了报复因此在模组中加入“安装Tinkers' Construct后会死机”的代码。后来两个模组的作者和解[34][35]。
另一个争议与名为Bukkit的软件相关，Bukkit是一个可以在Minecraft服务器安装插件的软件，也可以视为是Minecraft的一个服务端模组[36]。由于这个项目已经多次转手开发，因此先在的开发者与过去开发过Bukkit的开发者开始争论谁是此作品的著作权持有者[6]。最终在2014年，一个名为Warren“EvilSeph”Loo的开发者尝试在游戏中的代码加入著作权，然而此一事造成了Bukkit有很长一段时间处于失修的状态[6][37]。后来Mojang介入以挽救该项目[37]。最后的著作权持有者变为由Mojang持有，也因此，另一个由社群开发名为“CraftBukkit”的独立服务器[38]，由于部分代码基于Bukkit，因此有侵犯著作权之虞，而遭到终止，它被另一个独立服务器spigot所替代。
另一个争议发生在2017年3月，当时斯洛伐克的网络公司ESET举出了使用Minecraft mod的幌子而通过Google Play商店审查的87个特洛伊木马病毒的例子。这些木马病毒的目的大部分是积极展示广告或让玩家下载其他应用程序。这些假的Minecraft mod在2017年的前三个月已有超过一百万的下载量[39][40]。